Novorománská budova židovské modlitebny byla na místě zbořené starší synagogy postavena roku 1868. Hlavním iniciátorem stavby nové synagogy byl tehdejší starosta břeclavské židovské obce David Kuffner, jenž se také významnou částkou podílel na nákladech. Při rekonstrukci v roce 1888 byl pod vedením vídeňského architekta Maxe Fleischera interiér upraven v maurském stylu. Synagoga měla kapacitu 417 míst. Muži seděli v přízemí, ženám byly určeny lavice na galeriích. Před východní stěnou býval umístěn velký dřevěný oltář ve tvaru oblouku zakončený trojúhelníkovým štítem s deskami Desatera.
Svému původnímu účelu objekt sloužil až do října 1938, kdy byli Židé německými okupanty vyhnáni z města. Budova poté několik desetiletí sloužila jako skladiště nábytku, hnojiv a zeleniny. Dokonce se uvažovalo, že by mohla být adaptována na kostel, což katolíci odmítli. Neutěšený stav pokračoval až do 90. let 20. století.
Budovu ve značně zchátralém stavu prodala Židovská obec Brno městu Břeclav za symbolickou 1 korunu pod podmínkou, že synagoga bude sloužit pro společenské a kulturní účely. Radnice následně v letech 1997-1999 provedla celkovou rekonstrukci objektu za 24 milionů Kč. Opravená synagoga se otevřela veřejnosti poprvé 9. prosince 1999. V současnosti ji využívá Městské muzeum a galerie Břeclav pro pořádání přednášek, koncertů a výstav.
